ついに薩長と旧幕府の戦いが始まったわけですが、新撰組をはじめ旧幕府軍は兵力では上回っていたものの、武装の差や戦術の不味さなどにより、劣勢を強いられます。さらに薩長が官軍となったことで、諸藩が次々と薩長側についたことで敗戦を繰り返します。しかも徳川慶喜がまさかの敵前逃亡で旧幕府軍は江戸や故郷へ引き上げていきました。

甲州勝沼の戦い

　江戸に帰った徳川慶喜は、徹底抗戦を訴える旧幕臣たちを解任し、寛永寺に謹慎することを決めました。水戸出身の慶喜は、尊皇思想が強く、賊軍として後世に名を残すことになるのが許せなかったのです。
　そんな状況で、同じく江戸に帰った新撰組に甲府行きの命令が下されます。薩長を中心とした官軍が東征軍を率いて江戸へ進軍していたので、元々天領であった甲府城を防衛拠点として押さえ、新政府軍を食い止めるためです。
　甲府行きの際、近藤勇は大久保剛（後に大久保大和）、土方歳三は内藤隼人、そして、新撰組は甲陽鎮撫隊と名を改めています。長州は新撰組に相当な怨みを持っているので、彼らを刺激しないようにすることが目的です。また、新撰組が甲府行きを命じられたのも、なるべく江戸から引き離そうとしたからだという説もあります。
　甲府城に向けて出発した甲陽鎮撫隊は、途中近藤や土方の故郷を通ることになったのですが、そこで大歓迎を受けます。農民から大名、旗本クラスにまで出世した地元のヒーローですから仕方ありません。近藤や土方も嬉しかったことでしょう。少し羽目を外しすぎてしまいます。甲府城への出発が遅れてしまったのです。さらに悪天候により道が悪かったり、江戸で補充されたばかりのメンバーの統制が取れなかったりで、かなりの時間を浪費してしまいました。すると、甲府城まであと少しというところで、恐ろしい情報が入ってきます。なんと東征軍が先に甲府城を押さえてしまっていたのです。
　付近に布陣した甲陽鎮撫隊でしたが、新政府軍を目の前にして、脱走者が次々と出てしまい、兵力は最初の半分以下にまで下がってしまいました。さすがにやばいなと思った近藤は、2つの作戦を実行します。まず、土方を旗本を中心に結成された「菜葉隊」へ援軍要請に向かわせました。次に新政府軍に対して、「我々はあなた方と戦うために来たのではなく、甲府城の抗戦派が暴発しないように送られてきたのです」といった書状を送りました。
　しかし、新政府軍は「こんなものはただの時間稼ぎだ」と言って、甲陽鎮撫隊への攻撃を開始します。さらに菜葉隊は、農民上がりの近藤らを良く思っておらず、援軍要請を無視してしまうのです。こうして、甲州勝沼の戦いが始まったのですが、圧倒的な兵力差と近代戦に慣れない甲陽鎮撫隊は敗走していきました。

永倉・原田との決別

　新政府軍に敗れた甲陽鎮撫隊でしたが、近藤は援軍を待ち、部隊を整えてから再び戦う気でいました。しかし、もはや援軍は期待できないと隊士たちが次々と江戸へ引き上げようとしたのです。永倉新八と原田左之助は、彼らを引き止め、隊士たちの意見を聞くと、「江戸に戻って兵力を整えてから再戦すべきだ」と言うので、そのことを近藤らに伝えると、彼らの意見を聞き入れて、江戸に引き上げることになりました。
　近藤と土方は、近藤の怪我の療養のためなどもあり、一足先に江戸に戻りました。永倉や原田たちも遅れて江戸に到着すると、近藤らとの集合場所に向かいました。しかし、どこにも近藤の姿は見えません。すると、近藤に見捨てられたのではないかと考え、離隊を求める隊士が続出しました。困った永倉と原田は、松平容保のいる会津に向かうことを決定します。
　そうしているうちに、やっと近藤と出会えた永倉と原田は、近藤に隊士たちに会津へ向かうことを決定したと伝えます。しかし、勝手に決められた近藤は気分を害し、「私の家臣として会津に向かうのならば認めよう」と言ったのです。永倉と原田はこれに腹を立て、新撰組と決別することになってしまいました。
　新撰組は、指揮系統のために局長や副長といった役職は存在しましたが、元々は同志の集まりです。それなのに、いきなり家臣になれなどという暴言を吐かれたわけですから仕方ありません。こうして、新撰組は分裂していったのです。

近藤勇、投降

　江戸に残った近藤、土方らは、新たな隊士を募集し、近代戦で勝ち抜くための軍事訓練を行っています。その間、江戸無血開城が行われ、宇都宮を目指す新政府軍が付近に進軍してきたため、流山に移ることになりました。ここで新政府軍とやり合うのは得策ではないのです。
　しかし、近藤らが流山に布陣していることが新政府軍にばれてしまい、あっという間に包囲されてしまいます。このまま戦っても、甲州勝沼の戦いの二の舞となるので、土方は新政府軍に対して、「我々は、幕府が新政府に恭順したことに従います。この兵は反逆や一揆を鎮圧するためのものです」と言います。新政府側は、「それは我々の仕事だから武装解除してもらう」と返します。土方はこれに従うと言って、近藤の元へ戻ります。
　近藤らは、武装解除に応じることになるのですが、新政府軍の中に「大久保大和って近藤勇じゃね？」という者が現れたのです。それが事実がどうか確かめるため、近藤は板橋の新政府軍本陣へ連れて行かれることになってしまいました。

近藤勇の最期

　新政府軍は、大久保大和という男が本当に近藤勇かどうか確かめるために、2人の男を呼び出します。加納鷲雄と清原清です。この2人は、元御陵衛士だったのです。しかも、加納に至っては、阿部十郎らと近藤を襲撃した人物です。彼らは、大久保大和と名乗る男の顔を見た途端、近藤勇であることを確信し、「局長、お久しぶりです」と声をかけたのです。その瞬間、近藤は顔面蒼白になったといいます。
　近藤が新政府軍に連行されると、土方は斎藤一に新撰組を託し、自らは江戸にいる勝海舟に助命を求めます。勝は了承したものの、近藤の助命はなりませんでした。薩摩は、特に新撰組と遺恨があったわけでもなかったので、寛大な処置を求めましたが、長州や土佐は違いました。池田屋以降、相当な怨みを持っている長州と坂本龍馬暗殺の犯人は新撰組だと信じていた土佐は、近藤の処刑を訴えたのです。薩摩もこれに賛同するしかなく、近藤勇の処刑が決定されたのです。
　農民に生まれながら、誰よりも武士に憧れ、ついには大名、旗本クラスにまで出世した近藤勇の最期は、武士らしいものではありませんでした。切腹は許されず、斬首となったのです。慶応4年（1868年）4月25日、近藤勇の激動の生涯に終止符が打たれました。（享年35歳）
　切腹が武士らしい死に方にあるのに対して、斬首は犯罪者の死に方です。土方は、流山で新政府軍に包囲されたときに、切腹させなかったことを後悔したそうです。

新撰組隆盛期には、三番組組長、撃剣師範を務めた斎藤一。
剣術は沖田、永倉と並ぶ腕前だったと言われています。
土方に新撰組を託された後、新撰組局長として、会津と共に新政府軍と戦います。
暗殺などの暗い話で、必ずと言っていいほど関与が噂されることから、創作では暗いキャラクターにされることが多い。
良くも悪くも、漫画『るろうに剣心』で一躍有名になった人物ではないでしょうか。
ちなみに、ちょくちょく改名しているのですが、「山口二郎」「藤田五郎」など何故だか必ず数字が入っていたりします。

　思ったよりも長くなってしまいましたが、次回で新撰組編は最終回です。近藤亡き後、土方はどうなったのか？新撰組を預かった斎藤は？分裂した永倉、原田は？